“十一五”以来，济南市科技局积极探索符合社会主义市场经济体制和科技发展要求的计划管理体制，先后创造性地新设立了“企业自主创新计划”、“高校院所自主创新计划”、“高校院所科研人员创业计划”、“产学研结合计划”等计划类别，2011年起首次对全部市级科技计划项目实行常年申报，并继续实行后补助、贷款贴息等方式，实现财政资金支持方式的多样化。在项目管理方面，实行了一系列“阳光科技行动”，推进科技计划管理的公正、公开和规范、高效。
一是科技计划项目实行网上申报。对所有科技计划项目，不限地域，不分隶属，全部实行网上申报，数字认证。
二是科技计划项目实行专家异地评审。为确保科技立项的公开、公正、公平，从2007年开始，在全省率先实行科技计划项目异地评审；2008年起又实施了科技计划项目省外异地专家评审；并将全部事务性工作委托异地中介机构实施。
三是开展技术难题全国招标。每年面向全国公开招标项目约占自主创新计划的10%-30%。招标项目经费下达全部实行后补助方式进行。
四是对重大专项立项实行专家论证。在前期调研、企业申报和财务预算审查等基础上，组织省内各高校、科研院所的知名技术专家和管理专家，采取现场汇报和答辩的方式对拟定的重大专项进行考察，最后对项目整体情况进行综合论证，报市领导研究后确定。
五是对项目管理实行“三权分立”。即：计划处室负责项目立项，业务处室负责项目实施，条件财务处室负责项目资金的使用监管，形成了各职能处室既相互合作，又互为监督的项目管理机制。
六是引入第三方进行项目绩效评估。同时，还每年邀请市财政局、市审计局、市纪委等有关部门，对科技发展计划的立项、实施、验收及资金使用等进行全过程的监督管理，收到良好效果。
为有效整合全市科技系统面向社会服务资源，加强科技服务管理，市科技局投资建设的济南科技服务中心于2010年7月2日正式面向社会公众提供科技服务。建筑面积1500多平方米，设有11个业务窗口及1个服务质量监督窗口，涵盖了市科技局所有面向社会公众服务的事项。济南科技服务中心自正式运营以来，已接待服务对象6000余人次，受理各类科技计划项目3013项，办理专利资助900件，专利信息检索500多项，网上办理事项1000多次，服务对象满意率100%，得到广泛好评。